嘉南平原為廣濶之大平原，氣候溫和，適合農業生產，民國九年以前尚缺乏灌溉設施，農民乃由附近河川引水灌溉，灌溉面積僅5,000公頃，產量極少。

• 民國九年九月一日成立「公共埤圳官佃溪埤圳組合」，開始興建烏山頭水庫。 
• 民國十年四月改稱為「公共埤圳嘉南大圳組合」。
• 民國十六年六月完成濁幹線灌溉排水系統，民國十九年三月完成烏山頭水庫及其灌溉排水系統，全部灌溉面積十三萬餘公頃實施三年一作輪灌制度。 
• 民國三十二年十二月改組為「嘉南大圳水利組合」。 
• 民國三十三年六月，合併新豐、新化、新營、嘉義、斗六、虎尾等六個水利組合（現稱一般灌溉區），灌溉面積增至十八萬餘公頃。 
• 民國三十五年十一月改組為「嘉南大圳農田水利協會」。 
• 民國三十六年九月斗六灌區由本會劃出，另成立斗六農田水利協會，灌溉面積減為十五萬餘公頃。 
• 民國三十七年二月改組為「嘉南大圳水利委員會」。
• 民國四十五年十二月改組為「臺灣省嘉南農田水利會」。 
• 民國六十三年一月完成曾文水庫與烏山頭水庫串聯營運，改為三年二作耕作方式與灌溉制度。 
• 民國六十四年一月政府實施健全農田水利會方案，由政府代管，暫停會員代表選舉，會長並由省府派任，另將雲林縣境內濁幹線灌溉系統劃歸雲林農田水利會，灌溉面積減為 94,764公頃，迄至八十四年一月一日因土地變更使用，灌溉面積減為 78,182公頃。 
• 民國七十一年六月一日，政府健全農田水利方案結束，恢復為農民自治團體型態之公法人，會長由會員代表選舉產生，任期四年，連選得連任一次。 
• 民國八十三年六月一日修定「農田水利會組織通則」規定，會務委員及會長均由政府遴派，任期四年。 
• 民國九十一年六月一日修定「農田水利會組織通則」規定，產生第一屆直選會長及會務委員。
• 民國一0二年一月一日更名為「臺灣嘉南農田水利會」。
• 民國一0九年十月一日改制為公務機關「行政院農業委員會農田水利署嘉南管理處」。
• 民國一一二年八月一日行政院農業委員會升格農業部更名為「農業部農田水利署嘉南管理處」。