嘉南大圳南、北幹線分歧制水閘為銜接烏山頭水庫導水路及南北幹線，為調配輸送南、北幹線水量之重要樞紐，供應嘉南灌區64,000公頃農業用水與台南、嘉義縣市250萬人口民生及工業用水。