農田水利署嘉南管理處組織架構圖由上至下分別為：

處長1人、副處長1人及主任工程師1人，並設置總務組、財務組、管理組、工務組、主計室、人力資源室、輔導室及企劃室。

其中總務組下設文書股、事務股與出納股；財務組下設徵收股與財產股；管理組下設灌溉股、督導股、機電股、水質股與水庫暨設施維護股；工務組下設設計股、考公股、工事股與觀光股；主計室下設會計股與歲計股；人力資源室下設考核股與任免股；輔導室下設第一股與第二股；企劃室下設公關股、能源股與資訊股。

另設置所屬分處如下：

• 灌溉技術推廣分處：設置試驗股、推廣股與業務股。
• 烏山頭水庫風景區分處：設置營運股與業務股。
• 烏山頭分處：設置行政股、業務股與造林股，其工作站包含東口工作站、西口工作站、大崎工作站、重橋工作站、送水工作站、堰堤工作站、分岐工作站、官田工作站、茄拔工作站、東河工作站、烏林工作站、中洋工作站、西庄工作站與大堀工作站。
• 白河水庫分處：設置行政股與業務股，其工作站包含白河工作站與東山工作站。
• 朴子分處：設置工務股、管理股與行政股，其工作站包含朴子工作站、鹿草工作站、梅埔工作站、竹村工作站、松梅工作站、樹林工作站、中安工作站、光榮工作站、義竹工作站、蒜頭工作站、六腳工作站、下楫工作站、平溪工作站與下潭工作站。
• 嘉義分處：設置工務股、管理股與行政股，其工作站包含嘉義工作站、頂六工作站、竹崎工作站、興中工作站、民雄工作站、新港工作站、過溝工作站、大客工作站、太保工作站、溪口工作站與月眉工作站
• 新營分處：設置工務股、管理股與行政股，其工作站包含新營工作站、重溪工作站、柳營工作站、安溪工作站、鹽水工作站、歡雅工作站、仕安工作站、後壁工作站與德元埤水庫工作站。
• 佳里分處：設置工務股、管理股與行政股，其工作站包含佳里工作站、學甲工作站、子龍工作站、西港工作站、七股工作站、塭內工作站與漚汪工作站。
• 麻豆分處：設置工務股、管理股與行政股，其工作站包含隆田工作站、六甲工作站、下營工作站、中營工作站與麻豆工作站。
• 新化分處：設置工務股、管理股與行政股，其工作站包含歸仁工作站、西勢工作站、安南工作站、公塭工作站、新化工作站、新市工作站、安定工作站、善化工作站與港口工作站。

本組位於本處新建大樓三樓，現設有設計股、考工股、工事股及觀光股等四股。

本組係辦理本處水利設施之興辦、改善、修復等工程之規劃、測量、設計、考工、工事、驗收等事項，並設置觀光股負責烏山頭水庫風景區觀光業務。

一、工程規劃。

二、新興改善及災害復舊工程年度計畫、測設及預算事項。

三、工程效益評估及技術研究事項。

四、其他工程協助事項。

五、陳情調查案件。

六、其他。

一、工程設計預算書之審核。

二、工程檢驗及品質控制。

三、工資工率。

四、工程視導。

五、其他。

一、辦理招標。

二、工程契約。

三、施工計畫執行。

四、工程變更設計。

五、初驗及驗收。

六、工程決算。

七、工程施工安全事項。

一、觀光事業開發。

二、年度計劃。

三、關於船筏航行水域劃分及容納數量規劃。

四、觀光事業營運執行。

五、風景區內土地使用規劃。

六、其他。

本組位於本處新建大樓三樓，設有灌溉股、督導股、機電股、水質股及水庫暨設施維護股等五股。

本組係辦理轄區灌溉、水路維護工作，負責本處抽水設備及電話系統維護。

一、區域灌溉規劃。

二、灌溉計劃。

三、用水管理。

四、水權登記。

五、農田公害防治監視。

六、灌溉地管理。

七、事業效果。

八、水文氣象。

九、試驗研究。

十、有關灌溉管理規章

一、灌溉及排水渠道管理。

二、水利小組事項。

三、農田水利設施兼作其他使用管理。

四、圖表資料管理。

五、陳情建議。

一、機電設備及維護管理。

二、電訊設備及維護管理。

一、水質監測及調查處理。

二、檢驗報告。

三、水污染案件處理。

四、水質改善規劃。

五、監視點及排洩戶資料建置及統計資料。

六、水質檢驗技術訓練與輔導。

七、定期渠道底泥監測與環保政策配合事項。

一、水庫埤池管理。

二、歲修養護工程。

三、災害搶修處理。

四、施工機械管理。

本組位於本處新建大樓二樓，設有財產股、征收股等二股，辦理本會會費、工程費及各項費用之查定、徵收及訴追房地產管理及年度財務計畫、調度及多角化相關業務等事項。

一、會有房地產之管理。

二、水利用地購地。

三、會有地處分。

四、會有土地登記及地籍管理。

五、土地稅賦。

六、地籍測量及實測圖保管。

七、會有及代管埤池租賃。

八、會有土地出租、出借及公、私有土地租借。

九、林、魚、產物處分。

一、各項費用查定征收。

二、欠費清理。

三、收費憑證之審核與帳務之處理。

四、征收業務稽核。

五、其他有關業務事項之處理。

六、財務計劃之擬定。

七、補助貸款經理。

八、財務調度。

本組位於本處新建大樓二樓，設有文書股、事務股及出納股等三股，辦理本處文書、出納、事務管理、機關大小印章管理等事項。

一、文書處理。

二、檔案管理。

三、研究發展。

四、便民工作。

五、年度中心工作計畫。

六、年度中心工作計畫之管制考核。

七、資料管理。

八、會議。

九、特定案件管制考核。

十、會員申請案件處理期限之管制。

十一、公文查詢。

十二、保密文書處理。

十三、電務處理。

十四、法令規章。

一、物品財產(除土地、房屋建築及設備)及材料之購置定製手續。

二、物品管理。

三、財產管理(限水、陸運設備及雜項設計)。

四、材料管理。

五、辦公處所管理。

六、宿舍管理。

七、車輛管理。

八、船舶管理。

九、集會管理。

十、其他事務。

出納管理。

本組位於本處原辦公大樓二樓，設有歲計股、會計股等二股，辦理編製年度預、決算、審核會計憑證及資料統計等事項。

一、預算之籌編。

二、預算之執行。

三、決算之(應收及應付款項保留資料)之籌編。

四、營繕工程及購置財物之監辦。

五、財物上增進效能與減少不經濟支出之研議。

六、會計憑證之審核。

七、契約書之審核。

八、其他歲計事項。

一、會計制度研究與改進。

二、記帳憑證之編製。

三、帳務之登記。

四、會計報告編報。

五、會計檔案之整理。

六、決算之籌編。

七、預撥(收)經費及墊付款(暫收款)清理。

八、財產及設備估價折舊之審核。

九、稽核事項。

十、其他會計事項。

本室位於本處原辦公大樓一樓，設有任免股、考核股等二股，辦理員工任免、考核等事宜。

一、機構組織。

二、員額編制。

三、分層負責。

四、考試甄審。

五、任免遷調。

六、級俸銓審。

七、人力規劃。

八、工作簡化。

九、服務證明。

十、人事法規。

十一、人事資料。

一、平時考核。

二、工作考核。

三、考績考成。

四、獎懲表揚。

五、停職復職。

六、差假勤惰。

七、訓練進修。

八、出國考察。

九、員工保證。

十、待遇津貼。

十一、福利互助。

十二、輔建住宅。

十三、勞工保險。

十四、全民健康保險。

十五、康樂活動。

十六、退休、資遣。

十七、員工撫卹。

十八、員工加班。

十九、人事會報。

二十、人事資料。

本室位於本處原辦公大樓一樓，設有第一股及第二股等二股，辦理「廉政宣導業務」、「公務機密維護」、「機關安全維護」、「政風查處」等業務，並接受會員有關案件之陳情，協助處理水利糾紛等有關事項。

一、綜合業務。

二、廉政法令宣導業務。

三、公務機密維護

一、機關安全維護。

二、政風查處。

一、資訊業務策劃、督導、協調、審查與管理。

二、資訊軟體之管理及維護。

三、資訊應用之教育訓練與諮詢服務。

四、資料管理。

一、太陽光電業務之規劃、擬訂與執行事項

二、太陽光電相關營運資料之彙整提報

三、太陽光電相關法規修正建議之研擬與提報

四、小水力發電業務之規劃、擬訂與執行事項

五、小水力發電業務相關營運資料之彙整提報

六、小水力發電業務相關法規修正建議之研擬與提報

七、回饋金計算與收取事項

主要為宣導會務措施及強化各界對處務之共識。

一、處務報導。

二、處務資訊蒐集。

三、來賓接待。

四、處務活動。

五、處務改進建議。